Вот это и есть причина гниения. Вытяжка должна быть вытяжкой: воздух с улицы должен поступать в подвал и из него выходить, всё элементарно. Никакие «отверстия» от основного пола к фальшполу не помогут. Нужно вентилировать ПОДВАЛ, а не полость между полами. Не бойся, зимой холодно не будет, к тому же на зиму вентотверстия можно просто закрыть.
Делай, Лёха, проверено. Да и дел-то там — пробить отверстия на одной стене и на другой (но не напротив друг друга).

Чем лучше обработать лаги чтобы дальше не гнили?

лучше всего антипиренами, с глубокой пропиткой…возможно еще пару вараинтов но это при конкретном разборе сути проблемы

Чем утеплить и как лучше? Какой утеплитель использовать?

лучше всего что то жесткое любые твердые минваты, типа Венти Батс Роквула или всевозможные Пеноплексы

У меня мысль такая: снизу под половую доску проложить рубероид (вроде надо пароизоляцию, но что это за хрень?), а затем утеплитель который через какие-то рейки присаморезить к половой доске. Или сделать новый фальшпол, как лучше?

не очень хороший пирог пола…рубероид не самая лучшая гидроизоляция для внутренней отделки помещений, лучше взять более дорогие но аналоги..я не очень поняла что именно вы так решили утеплить, отделить 1 этаж от подвала?тогда необходимо через спец. винты привинчивать к лагам, лежащим на несущих балках, а не к половой доске.

Годится ли она для такого типа крыши?

Годится, уклон хороший, смотреться будет красиво,возможно также рассмотреть мягкие кровельные рулонные материалы, если позволяют денежные средства, они очень хорошо зарекомендовали себя на рынке.
Хотим утеплить второй этаж. Можно ли это сделать со стороны крыши чтобы не ломать стены? В плане утеплить саму кровлю.

кровля утепляется всегда и только изнутри, иначе жить вы там не сможете. Хотя не уверена что проблема решится только утеплением кровли, возможно придется еще и стены, но это необходимо производить расчеты теплотехники.

Правильнее всего, как я понимаю поставить газгольдер и газовый котел. Еще есть фантастическое желание, поставить 2 котла: новый на дровах (твердом топливе) а над ним повесить газовый. И печку тоже оставить, пусть будет

Простите меня, но это бред)))тогда уж при таком размахе необходимо и бункер для атомной войны)))не стоит нагромождать такое количество систем, сжирая и пространство и делая ее очень сложной…если та хочется, оставьте печку, ну для успокоения души, хотя места сжирает немерено, но котлы и дровами и газам и все вместе это уже чересчур

1. Водопровод для технической воды. Что делать, скважину на 50 м., или может сгодится колодец метров на 15-ть? Почва глина, известняк примерно с 3-4 метров. Сейчас колодец на 7 метров, весной полный на половину, осенью примерно метр на дне (почти не откачиваем). Скважина пугает тем, что ее затягивает, колодец тем, что не факт что будет наполняться.

и то и другое не так эффективно, лучше скважину на 200 м, хватит на все и точно проблем не будет

2. Канализация. Здесь вроде все просто. На септик думаю забить, просто вкопать 3 кольца. А потом заказывать периодически говновоз.

не очень хорошая идея, лучше септик, иначе со временем будет происходит очень сильное заражение почвы, на которой вам лучше будет не есть яблочки и все такое

На счет корридора – второй этаж от первого нормально утеплен